Почему НДС рассчитывается как разница входящего и исходящего?

Добрый день!
Подскажите, почему НДС рассчитывается как разница входящего и исходящего?
Почему нельзя рассчитать его напрямую: я знаю что я купил, я знаю что я продал, вычисляю добавленную стоимость и плачу налог.
Если я куплю сырьё у предприятия на УСН произведу продукцию и продам её, я не смогу вычесть входящий НДС, т.к. его нет. По сути я заплачу налог с дохода. Это уже не является налогом на добавленную стоимость. Это налог на доход. То есть сам термин "НДС" уже не применим.
Почему так?

Нарисуем простую цепочку предприятий, без разветвлений:

-(а)->1-(b)->2-(c)->3-(d)->4-(e)->

где
1,2,3,4 - предприятия
a,b,c,d,e - цены

Если все работают по НСД, то будут следующие выплаты НДС в цепочке:
1 0.166(b-a)
2 0.166(c-b)
3 0.166(d-c)
4 0.166(e-d)
Суммарно государству будет уплачено НДС в размере 0.166(e-a). Это и есть НДС по смыслу, всё правильно.

Если же предприятие 2 переходит на УСН, то получим следующие выплаты НДС в цепочке:
1 0.166(b-a)
2 0
3 0.166*d
4 0.166(e-d)
Суммарно государству будет уплачено НДС в размере 0.166(e-a+b). То есть предприятию 2 дали налоговое послабление, а суммарный НДС вырос. Это уже неправильно. Более того сумма 0.166(e-a+b) уже не является НДС по своему смыслу. То есть её надо называть как-то иначе. А так же предприятие 3 теперь платит налог на доход вместо НДС.

Как такое вообще возможно?

Чтобы всё было правильно нужно сделать следующие выплаты НДС в цепочке:
1 0.166(b-a)
2 0
3 0.166*(d-с)
4 0.166(e-d)
Тогда суммарно государству будет выплачено НДС в размере 0.166(e-a-(c-b)). То есть НСД будет уплачено меньше на величину 0.166(c-b). Так и должно быть, т.к. предприятие 2 платило НДС в размере 0.166(c-b). Затем ему было дано налоговое послабление и соответственно суммарный налог государству должен уменьшиться на величину 0.166(c-b).